株式譲渡とは？概要から税金まわり、契約書、確定申告などについて分かりやすく解説

株式譲渡は、個人や法人が株式を他者に譲る際に必要となる手続きですが、その複雑さから誤解やトラブルが生じることが少なくありません。

本記事では、株式譲渡の基本的な概要から、税金のかかり方、契約書の内容、確定申告に至るまで、幅広く解説します。

本記事を通じて、株式譲渡に関する知識を深め、自信を持って手続きを進められるようサポートしますので、株式譲渡の際に知っておくべきポイントをおさえたい方は、ぜひ参考にしてください。

株式譲渡とは？

株式譲渡とは、売り手側の株主が保有する株式を買い手側に売却し、その企業の経営権を引き継ぐ手続きです。

この取引では、売り手の株主が譲渡の対価として金銭を受け取り、買い手は対象企業の経営権を得ます。

株式譲渡契約は、当事者間の合意によって成立し、特別な手続きは不要です。株券が発行されている場合はその引き渡しが必要ですが、株券不発行会社の場合は株券の交付がいりません。

株式譲渡後、株主名簿の名義書換が行われることで、買い手は正式に権利を行使できるようになります。

株式譲渡は、企業の規模拡大や組織再編、事業承継など、さまざまな目的で利用される手法です。その手続きの簡便さから、特に中小企業のM&Aにおいて広く採用されています。

事業譲渡との違い

株式譲渡としばしば混同される手法に「事業譲渡」がありますが、両者には明確な違いがあります。

株式譲渡が株主の保有する株式を売却し、経営権を移転する取引です。それに対し、事業譲渡は企業が保有する事業の一部または全部を相手方に売却することを指します。つまり、譲渡の目的物が株式ではなく事業というわけです。

そのほか、事業譲渡では譲渡対象に有形資産だけでなく、従業員、取引先、ノウハウなどの無形資産も含まれる点が特徴としてあげられるでしょう。

事業譲渡では経営権は移転せず、特定の事業だけが譲渡されるため、買い手側は必要な資産のみを選んで引き継ぐことが可能です。さらに、債務は引き継がないというメリットもありますが、手続きが煩雑で税負担が重いというデメリットもともなうため注意しましょう。

会社合併との違い

会社合併もまた、株式譲渡と同じ企業の再編に用いられるM&A手法の一つですが、その性質には大きな違いがあるため注意しましょう。

株式譲渡では、売り手が保有する株式を買い手に売却することで、経営権を移転しますが、譲渡対象の企業自体は存続します。

一方、会社合併では、複数の企業が1つに統合されるのです。

会社合併には、吸収合併と新設合併の2種類があります。吸収合併では一方の会社が存続し、もう一方が消滅。新設合併では、既存の会社が解散し、新たに設立される会社にすべての資産が移行されます。

したがって、会社合併では、対象企業の権利や義務が統合先に引き継がれ、法人としての存在は消滅するということです。

株式譲渡は企業の存続を前提とし、会社合併は企業の統合を前提とすると覚えておくといいでしょう。

株式譲渡にかかる税金

株式譲渡にかかる税金は、以下のようになります。

譲渡価格	個人から個人	個人から法人	法人から個人	法人から法人
時価	売り手：譲渡所得税 買い手：課税なし	売り手：譲渡所得税 買い手：課税なし	売り手：法人税 買い手：課税なし	売り手：法人税 買い手：課税なし
時価の1/2未満	売り手：差額※に譲渡所得税 買い手：差額に贈与税	売り手：譲渡所得税 買い手：差額※に法人税	売り手：譲渡益に法人税 買い手：給与・一時所得	売り手：譲渡益に法人税 買い手：法人税
時価より高い	売り手：贈与税（時価を超える部分）と譲渡所得税 （時価の部分） 買い手：課税なし	売り手：譲渡益に譲渡所得税 買い手：差額※が寄附金	売り手：法人税 買い手：課税なし	売り手：法人税 買い手：寄附金

※「差額」とは譲渡価額と時価の差額を指します。

個人から個人

譲渡価格	個人から個人
時価	売り手：譲渡所得税 買い手：課税なし
時価の1/2未満	売り手：差額※に譲渡所得税 買い手：差額に贈与税
時価より高い	売り手：贈与税（時価を超える部分）と譲渡所得税 （時価の部分） 買い手：課税なし

※「差額」とは譲渡価額と時価の差額を指します。

個人から法人

譲渡価格	個人から法人
時価	売り手：譲渡所得税 買い手：課税なし
時価の1/2未満	売り手：譲渡所得税 買い手：差額※に法人税
時価より高い	売り手：譲渡益に譲渡所得税 買い手：差額※が寄附金

※「差額」とは譲渡価額と時価の差額を指します。

法人から個人

譲渡価格	法人から個人
時価	売り手：法人税 買い手：課税なし
時価の1/2未満	売り手：譲渡益に法人税 買い手：給与・一時所得
時価より高い	売り手：法人税 買い手：課税なし

※「差額」とは譲渡価額と時価の差額を指します。

法人から法人

譲渡価格	法人から法人
時価	売り手：法人税 買い手：課税なし
時価の1/2未満	売り手：譲渡益に法人税 買い手：法人税
時価より高い	売り手：法人税 買い手：寄附金

※「差額」とは譲渡価額と時価の差額を指します。

売り手側にかかる税金

株式譲渡において、売り手側に課される税金は、株主が個人か法人かによって異なるため注意が必要です。

個人が株式を譲渡する場合、譲渡益に対して20.315%の譲渡所得税が課せられます。

譲渡価格が時価の1/2未満である場合も、買い手が法人なら同じです。ただ、買い手が個人なら譲渡価額と時価との差額に課税されます。

時価を超える価格で譲渡した場合、買い手が個人の場合は時価部分に譲渡所得税、超過部分に贈与税と分かれるため注意しましょう。

一方、売り手が法人である場合、譲渡益に法人税が課されます。

さらに、時価を超える価格で譲渡が行われると、時価部分と超過部分それぞれに法人税が課せられるのです。

買い手側にかかる税金

買い手側にかかる税金も、取引価格や取引相手の属性によって異なります。

時価での取引であれば、通常は買い手側に課税は発生しません。しかし、時価の1/2未満で株式が譲渡された場合、税金が発生します。

個人間の取引であれば、その差額に対して贈与税が課され、法人から個人に譲渡された場合は所得税が発生します。さらに、買い手が法人である場合、その差額に対して法人税が課せられることになるのです。

時価より高い価格で株式を購入した場合、買い手が個人であれば特に課税はされません。しかし法人である場合、その差額は寄附金として扱われ、法人税法上の扱いが変わる可能性があるため注意しましょう。

株式譲渡契約書とは？

株式譲渡契約書とは、株式を譲渡する際に締結される契約書であり、譲渡する側と譲受する側の合意に基づいて作成されるものです。

会社法（以下同）第127条で、株式は原則として自由に譲渡できるとされています。しかし第128条では、株券発行会社の場合、株券の交付がない限り譲渡の効力は発生しないと定められているため注意が必要です。

また、第130条によれば、譲受人の氏名住所が株主名簿に記載されなければ、譲渡を第三者に対抗することができません。

なお、平成21年の株券電子化により、上場会社はすべて株券不発行となり、それ以外の会社でも株券不発行が原則となっています。このため、現在の株式譲渡契約は株券をともなわない形で行われることが一般的です。

株式譲渡契約は、個人間の取引だけでなく、事業承継の手段としても広く利用されています。特に中小企業では、社長がすべての株式を保有している場合、その株式を譲り受けた者が新たな経営者となるのです。

このように、株式譲渡契約は会社の経営に直接影響を及ぼすため、契約書の内容には十分な注意をはらうようにしましょう。

参考：会社法｜e-Gov法令検索

株式譲渡契約書に記載する項目

株式譲渡契約書は、株式の持つ特殊性を十分に考慮し、その特徴を反映した内容で作成する必要があります。

一般的な契約書と同様に、譲渡する株式の詳細（どの会社のどの株式を何株譲渡するのか）、譲渡の目的や金額、株式数、支払方法などを明確に記載します。

ただし、株式譲渡契約書においては、これに加えて特有の項目を含めなければいけません。

例えば、株式譲渡後に株主名簿の名義書換が必要である点などがあげられるでしょう。

さらに株式が譲渡制限株式である場合、譲渡には当該株式会社の承認が不可欠です。これは、第136条に基づくものであり、この承認手続きを契約書内で確約することが求められています。

株式の譲渡制限

株式の譲渡制限とは、株式会社が定款によって株式の譲渡に制限を設けることを指します。この制限は、会社が株主構成を管理し、望ましくない人物が株主となるのを防ぐ目的で行われることが一般的です。

しかし、金融商品取引所での取引は、不特定多数の投資者が参加する市場であり、売買を通じた株式の移転に制限をかけることは、制度的に適していません。そのため、上場審査基準においては、株式の譲渡制限を行っていないことが求められており、上場会社は原則として株式の譲渡制限を設定できないわけです。

さらに、有価証券上場規程においては、上場会社が株式の譲渡制限を行った場合、上場廃止基準に該当するとされています。ただし例外として、特別な法律に基づき譲渡制限が設定され、その内容が東京証券取引所の市場での売買を妨げないと認められる場合に限っては、譲渡制限が許可されることもあることは覚えておくといいでしょう。

株式譲渡制限した際の確定申告について

株式譲渡制限が設定された場合の確定申告には、特有の注意点があります。

本節では、確定申告が必要なケース、株式譲渡益に基づく税金の計算方法、確定申告が不要な場合についてみていきましょう。

確定申告が必要な場合

確定申告が必要なのは、以下のような場合です。

• 給与を1か所から受けていて、給与所得及び退職所得以外に「20万円を超える所得」がある
• 給与を2か所以上から受けていて、主たる給与所得及び退職所得以外に「主たる給与以外の給与＋20万円を超える所得」がある
• 給与の収入金額が2,000万円を超える

サラリーマンの給与所得は、会社が年末調整を行うため、通常は確定申告をする必要はありません。しかし、会社からの給与以外に収入がある場合や、株式取引で利益を得た場合は、確定申告が必要となります。

株式譲渡益から税金を計算する方法

収入金額−取得費−費用等＝損益

株式譲渡を行った場合、その所得は他の所得と区分して計算される「申告分離課税」の対象となります。

申告分離課税では、譲渡所得に対して一律の税率が適用され、納付すべき税額が算出されます。令和3年度の株式等の譲渡所得に対する税率は20.315％です。

この税金は、原則として自分で確定申告します。

確定申告では、まず譲渡所得を計算し、それに対して税率をかけることで税額を求めます。この際、株式の取得価格や譲渡費用を差し引いた後の純利益が対象です。

株式譲渡があっても確定申告をしなくていいケース

株式譲渡があった場合、基本的には「申告分離課税」として確定申告を行う必要がありますが、いくつかの例外もあります。

まず、年間を通して株式譲渡で損失が発生した場合、その損失が「上場株式」や「一般株式」グループで生じたものであれば、給与所得以外の所得が20万円以下となるため、確定申告は不要です。しかし、損失が他のグループの黒字と相殺できない点や、給与所得などとの相殺もできないため、注意しましょう。

次に、「特定口座で源泉徴収あり」を選択している場合も確定申告が不要です。この口座を選択すると、証券会社が税額を計算し、源泉徴収を行うため、自分で申告する必要がありません。ただし、特定口座で取り扱えるのは「上場株式」に限られるため注意しましょう。

最後に、NISA口座を利用している場合も、確定申告は必要ありません。NISAは少額投資非課税制度であり、口座内の上場株式の譲渡益や配当金が一定額まで非課税となります。ただし、NISA口座で損失が出た場合、その損失は他の所得と相殺できないため、損益通算や繰越控除の対象外です。

まとめ

株式譲渡は、売り手側の株主が株式を買い手側に売却し、企業の経営権を移転する手続きです。

その過程では、契約書、税金、確定申告など、注意すべきポイントが多岐にわたります。

本記事で解説した内容を理解することで、株式譲渡の基本的な知識をおさえることができるでしょう。

それでもまだ、株式譲渡に関する不安や疑問がある方は、M&Aベストパートナーズにぜひご相談ください。専門的な知識と豊富な経験を持つプロフェッショナルが、安心して取引を進められるようサポートいたします。